Centrul pentru Studiul Istoriei Evreilor din România (CSIER) a fost înființat în mai 1977, ca structură de cercetare în cadrul Federației Comunităților Evreiești din România, cu scopul de a studia trecutul evreilor din România și de a valorifica patrimoniul documentar al Federației.
Inițiativa constituirii Centrului a aparținut profesorului Alexandru Vianu și a primit imediat girul șef rabinului Moses Rosen și al conducerii Federației. Direcțiile de cercetare au fost fixate după consultări cu personalități ale lumii culturale și științifice, între care amintim pe Alexandru Graur, Ovid S. Crohmălniceanu, Henri Wald, Solomon Marcus, Nicolae Cajal, Paul Cornea, Virgil Cândea, Zigu Ornea, Ioan Massoff, Andrei Pippidi, Iso Schapira, etc.
Constatând că în istoriografia română existau puține sinteze, monografii, bibliografii istorice, volume de documente și alte instrumente de lucru temeinice privind istoria evreilor, grupul de lucru care a pus pe picioare instituția de cercetare a pornit de la ideea că este nevoie de un efort sistematic pentru studierea trecutului evreilor din România.
În perioada comunistă, Centrul, care la început s-a numit „Laboratorul de istorie a evreilor din România”, a funcționat în condițiile vitrege ale dictaturii și controlului ideologic. Existând pericolul dispariției arhivelor unor comunități din țară, s-a căutat transportarea acestora la București și s-a urmărit colectarea datelor din diferite ziare evreiești și românești pentru a crea instrumentele de lucru necesare prezentării diverselor momente importante ale vieții evreiești în volume tematice.
Istorici evrei și neevrei aflați în România sau Israel au colaborat periodic cu Centrul pe diferite tematici. Sub umbrela acestuia s-a lucrat la primele volume de istoria evreilor de după cel de-al Doilea Război Mondial și au fost organizate evenimente pentru cunoașterea istoriei evreilor sub forma unor lecții deschise denumite „Conferințele de sâmbătă seara”. Printre lucrările cele mai importante editate în perioada comunistă menționăm primele două volume de documente Izvoare și mărturii referitoare la evreii din România, precum și lucrarea Remember. 40 de ani de la masacrarea evreilor din Ardealul de Nord sub ocupaţie hortystă, carte publicată în limbile română, engleză, franceză și spaniolă.
După 1989, odată cu înlesnirea accesului la Arhivele Naționale ale României, o prioritate a devenit strângerea datelor cu privire la perioada Holocaustului și editarea de studii privind viața comunitară. Totodată, sub conducerea lui Sergiu Stanciu, a fost creată editura Hasefer, la început ca o anexă a Centrului de Istorie, iar ulterior devenind un departament autonom. Încă din a doua jumătate a anilor ‘80 s-a mărit numărul cercetătorilor angajați permanent, fapt ce a contribuit la o creștere a activității publicistice, și s-a definitivat organizarea arhivei ce a fost mutată la adresa din str. Mămulari nr. 3, unde a funcționat într-o clădire atașată Templului Unirea Sfântă.
Lui Sergiu Stanciu i-au succedat la conducerea Centrului Eugen Preda (care a încurajat reînceperea colecției Buletinului CSIER), Dumitru Hâncu (în perioada căruia Centrul a avut o intensă activitate publicistică – 4 ediții ale Buletinului, dar și multe alte volume de documente) și Liviu Rotman, promotor activ al unei noi generații de cercetători tineri, ceea ce a condus la schimbarea fizionomiei de vârstă a Centrului și la sublinierea caracterului academic al activității. În această perioadă Centrul s-a implicat în proiecte de cercetare internaționale și a fost organizată prima Școală de vară adresată tinerilor cercetători. Sub conducerea profesorului Rotman, Centrul împreună cu arhiva au fost relocate în Calea Călărașilor 57B.
În prezent CSIER este condus de către istoricul Adrian Cioflâncă.